El Transsepte és la nau transvesal de l’església que forma una creu amb la nau principal. Està cobert amb volta de canó seguida, sense arcs torals. En la intersecció amb la nau central es forma una cúpula de secció rectangular i aixamfranada degut a les quatre petxines situades en els àngles, sobre les petxines una imposta de la que arrenquen els quatre sectors esfèrics reforçats per un nervi de creueria.
Als extrems del transsepte dues portes monumentals donen pas a les capelles de Sant Salvador al nord, on actualment hi ha el baptisteri i Sant Just al sud. Cada una amb accès a les torres del mateix nom que es projecten en l’exterior flanquejant la façana de llevant.
